Protege la colección de libros reunidos por Franz Mayer, quién a demás de recopilar piezas de arte, se destacó como bibliófilo.
La belleza, antigüedad y rareza de las ediciones, convierten a los libros en verdaderas piezas de arte. Cuenta con 800 ediciones, en 19 idiomas, de El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha, una de las colecciones más importantes de América y la cual puede ser consultada dentro del museo.
Para ingresar a la biblioteca es necesario registrarte en la página del museo.