El edificio sirvió originalmente como pabellón en una feria industrial que tuvo lugar en Alemania a principios del siglo XX. Sus piezas fueron traídas a México y se montaron en la colonia Santa María la Ribera. Durante más de cincuenta años, esta joya del art nouveau alemán fue la sede del Museo de Historia Natural, hasta que a mediados de los setenta adoptó el papel que tiene hasta ahora, el de dar cobijo al Museo Universitario del Chopo.
De 2005 a 2010, el museo se dio a la tarea de renovarse como proyecto cultural, lo cual implicó el cierre del edificio para su remodelación, aunque su actividad se mantuvo en otras galerías que prestaron sus foros para sus actividades regulares. El gran desafío para el arquitecto Enrique Norten consistió en crear un museo dentro del museo: convertir ese enorme galerón en un foro idóneo para el arte, sin perturbar la belleza del recinto.
Bajo la dirección de José Luis Paredes Pacho, permanece fiel a su línea de apoyo a escenas artísticas subterráneas, además de abrir el panorama a la vinculación de nuevas tecnologías en el arte y economías creativas. Se desarrollan exposiciones de arte contemporáneo, de diseño, artes escénicas, simposios de literatura, conferencias con pensadores y músicos contemporáneos, además de los ciclos de cine en el cinematógrafo y talleres y servicios de educación continua. Además de responder a la comunidad universitaria y los temas relacionados con juventud, identidad y tribus urbanas, es un punto importante dedicado a temas de género: el museo ha sido sede de la semana cultural lésbico gay durante veintidós años.
En lo que respecta a la parte curatorial, la propuesta de Daniel Garza-Usabiaga está enfocada en retornar a la vocación del Chopo de los años ochenta y noventa, de exponer performance, instalaciones y video, regresar a ese perfil experimental unido al rock y al arte urbano, y difundir la obra de artistas locales y emergentes. Se busca que en el Chopo haya exposiciones que no se puedan ver en otro museo, abordar temas como la cultura de masas y el consumo, desarrollar contenidos que reflexionen sobre las circunstancias locales.
El Chopo promueve el dialogo y el acercamiento del público con artistas con ofertas experimentales e interesantes, ha contado con la visita de figuras como Nick Cave, Santiago Auserón, Juan Villoro, entre otros músicos y representantes de la literatura y pensamiento contemporáneo. Estas conferencias son transmitidas en directo por internet en la página del museo.
El Foro del Dinosaurio es escenario de conciertos, se presentan músicos de diferentes géneros, la gama es tan rica y propositiva que va desde rock, hip-hop, clásica, jazz hasta música folclórica y tradicional mexicana.
Otra aplicación sobresaliente es el Chopo virtual (http://www.chopo.unam.mx/vr_chopo/demos/entrada.html), desarrollado con la Facultad de Ingeniería de la UNAM. Se trata de una maqueta virtual hecha con la tecnología de inmersión de Second Life, que permite a los usuarios desplazarse por todo el museo. Esta valiosa herramienta ha permitido llevar la oferta cultural del museo a cualquier parte del mundo.