Olvidado en la Morelos, el Museo Indígena se instaló en 2012 en la Aduana del Pulque. La planta baja de este edificio del siglo XVIII alberga exposiciones temporales, aunque desde que abrió el museo se presenta Un siglo de fotografía indígena, en la que se reúnen fotos de varios artistas como Mariana Yampolsky y Manuel Álvarez Bravo.
En el primer piso se encuentra la exposición permanente del museo, en la que se exhiben ollas de barro, máscaras talladas y vestimentas tradicionales de los 68 pueblos indígenas de nuestro país. Las paredes del museo muestran mapas conceptuales y geográficos que te ayudan a situar las culturas.
Además de la exposición permanente, se ofrecen talleres infantiles para la fabricación de juguetes artesanales, cursos sabatinos de náhuatl y conferencias en torno a las artes y la cultura de las comunidades indígenas.
El museo cuenta con un gran acervo bibliográfico especializado en temas indígenas, por lo que es visitado por estudiantes de las carreras de historia y antropología.