Este histórico recinto ubicado en el Palacio de la Escuela de Medicina fue sede del Santo Oficio de la Inquisición y posteriormente la escuela de medicina durante más de cien años, hasta 1954.
Alberga una impresionante colección de objetos, instrumental y diversos materiales relacionados con la historia de la medicina, desde la tradición prehispánica y la herbolaria hasta proezas médicas actuales. Tiene una botica original del siglo XIX, modelos anatómicos en cera, gabinetes médicos de los primeros microscopios hasta una sala de exhibiciones temporales que presenta artistas contemporáneos que interpretan la colección.
Sin duda, el tesoro del museo es la sala de embriología, única en el mundo, donde podemos admirar embriones y fetos reales en una secuencia de las etapas del desarrollo humano a partir de la cuarta semana y hasta previo al nacimiento.
Cada último miércoles del mes participan en la noche de museos; además organizan espectáculos y recorridos nocturnos inspirados en el tema de la Inquisición en la Nueva España.